Sergijus Baublys gimė 1912 m. Lydoje. Jis buvo penktasis iš šešių sūnų pedagogo Petro Baublio šeimoje. Baigė Kauno „Aušros“ berniukų gimnaziją, buvo aktyvus skautas, aukštąjį išsilavinimą įgijo Čekoslovakijoje. Grįžęs į Lietuvą nuo 1937 m. mokytojavo Kaišiadorių, vėliau Alytaus amatų mokyklose. Sergijus buvo inžinerinės grafikos specialistas ir pedagogas. 

Antrojo pasaulinio karo metais Sergijus su žmona Jadvyga gyveno Kauno priemiestyje. Šeima augino mažą sūnų Petriuką, o Jadvyga tuo metu laukėsi antro vaiko. Kartu su jais gyveno Jadvygos jaunesnioji sesuo Marytė ir Sergijaus tėvai. Nors jų dviejų miegamųjų butas ir taip buvo pilnas žmonių, Baubliai priėmė dešimtmetę žydų mergaitę Rachilę Bliumental. 

Prieš karą Rachilė gyveno Kaune ir mokėsi privačioje „Švabės“ žydų mokykloje. Jos tėvai buvo išsiskyrę, tėvas dirbo elektriku ir turėjo savo įmonę. Rachilės tėvai turėjo artimą lietuvį draugą Valčiūną, pažinojusį vieną iš šešių brolių Baublių. Per šią pažintį mergaitė buvo patikėta jaunesniajam broliui Sergijui. 

Rachilei buvo sukurta nauja tapatybė. Ji turėjo vadintis Lena Vorobjova ir pasakoti esanti rusų mergaitė, kurios motina lietuvė išvyko į Rusiją ir ten ištekėjo už ruso. Rachilė prisiminė, kad iš pradžių jos tikrąją tapatybę žinojo Sergijus ir jo tėvai. 

Frontui artėjant prie Kauno, pasilikti namuose darėsi vis pavojingiau. Jadvygos iniciatyva šeima kartu su Rachile išvyko į Bružės kaimą Vilkijos apylinkėse, kur apsistojo pas malūnininkų šeimą. Iš ten jie matė dūmus Kauno pusėje. Netrukus iš miesto grįžęs kaimo gyventojas pranešė, kad dega getas – prasidėjo jo likvidavimas. 

Rachilė išgyveno Holokaustą. Jos motina Esia Sandler buvo išvežta į Štuthofo koncentracijos stovyklą ir 1945 m. sausio 18 d. ten mirė nuo dėmėtosios šiltinės. Rachilės tėvas išgyveno. 1957 m. Rachilė išvyko į Lenkiją, o gavusi dokumentus – į Ženevą pas tėvą. Mokėdama vokiečių kalbą ji vėliau dirbo analitike ir vertėja. 

Sergijaus rūpinimasis kitais nesibaigė karo metais. Jis padėjo siekti mokslo našlaičiui Mykolui Mankevičiui, kurio tėvus karo metais Vilniaus krašte nužudė naciai, ir kitiems paramos reikalingiems žmonėms. 

Po karo Sergijus tęsė pedagogo darbą. 1944–1947 m. buvo Kauno politechnikumo direktoriaus pavaduotojas. 1947 m. išvyko vadovauti Vilniaus valstybiniam technikumui, vėliau grįžo į Kauną. 1951–1955 m. buvo Kauno politechnikumo direktorius, o iki 1973 m. dėstė braižybą. 

Buvusių kolegų ir mokinių atsiminimuose Sergijus iškyla ne tik kaip specialistas, bet ir kaip jaunimą telkęs pedagogas. Jis rūpinosi mokymo aplinka ir priemonėmis, technine kūryba, sportine bei menine mokinių veikla. Sergijus su Jadvyga užaugino tris sūnus; vidurinysis Leonardas vėliau pats baigė Kauno politechnikumą. 

Sergijus Baublys mirė 1976 metais. 1977 m. Yad Vashem Sergijų Baublį ir jo žmoną Jadvygą pripažino Pasaulio tautų teisuoliais. Sergijus šio pripažinimo jau nebesulaukė. Apdovanojimus priėmė ir atminimo medžius Izraelyje sodino jo brolis, Didžiojoje Britanijoje gyvenęs architektas ir bibliofilas Rostislovas (Rostis) Baublys.